Проект РФФИ 12-04-92111 ЯФ_а «Пищевые связи трематод в пищевых сетях эстуарных экосистем на юге Западной Сибири», рук. к.б.н. Юрлова Н.И.
Международный проект № 21256003 проект International Research Fund from the Japane Society for the Promotion of Science, Japan по теме «Исследования представителей родов Echinococcus и Taenia: молекулярная диагностика и коэволюция» 2012-2013 гг., исп. к.б.н. Коняев С.В.
Берингийский коэволюционный проект (Beringian Coevolution Project): изучение видового разнообразия цестод рода Arostrilepis Голарктики, (NSF DEB 0196095 and 0415668) 2012-2013 гг., исп. к.б.н. Макариков А.А.
Международные проекты № 0819696 и 0818823 Международной программы «Инвентаризация Биологического Разнообразия Планеты, раздел цестоды», 2012-2013гг. исп. к.б.н. Макариков А.А.
Проект «Разработка микоинсектицидных препаратов на основе энтомопатогенных грибов, обладающих высокой толерантностью к абиотическим факторам среды, высокоэффективных против вредных насекомых», Госзаказ Министерства образования и науки Республики Казахстан, 2010-2012, исп. д.б.н. Глупов В.В.
Проект «Влияние плейстоценового обледенения на формирование состава биоты Восточно-Европейской равнины)», Контракт с Научным Советом Литвы №MIP-118/2010, 2010-2012гг., исп. к.б.н. Корниенко С.А.
Проект «Пауки-скакунчики (Salticidae) Южной Африки: оценка биоразнообразия и видового богатства региона» № 75308, Университет Венды, г. Тхохояндоу, ЮАР, 2011-2012 гг., исп. к.б.н. Азаркина Г.Н.
Проект National Geographic Society (USA) «Биоразнообразие альпийских насекомых Алтае-Саянской горной страны и связи с разнообразием адаптированных к холоду насекомых Северной Америки»№ 8993-11 2011-2013 гг., исп. к.б.н. Дудко Р.Ю.
Проект «Экология социальных подземных животных» № А /11/ 04243 University of Duisburg-Essen, Germany, 2011-2012 гг., исп. д.б.н. Новиков Е.А.
Проект «Редкие и исчезающие гусеобразные Евразии», комплексная научно-производственная программа Евроазиатской региональной ассоциации зоопарков и аквариумов (ЕАРАЗА), 2009-2015 гг., исп. к.б.н. Шило В.А.
Действуют программы безвалютного обмена и договоры о сотрудничестве между Российской академией наук и Литовской, Польской, Венгерской и Финской академиями наук, включающие в себя работу учёных за рубежом, поездки сотрудников за рубеж для участия в научных конференциях, симпозиумах, совместных семинарах и др.