1. Исследование паразитарных систем трематод
Экологические аспекты взаимодействия в паразито-хозяинных системах «трематоды-моллюск»: исследование многолетней динамики паразитов и хозяев, оценка влияния факторов среды (локальных и глобальных) в озерно-речных экосистемах юга Западной Сибири (в рамках базового проекта “Взаимоотношения «паразит-хозяин» в многокомпонентных системах”).
— Исследование многолетней базы данных по динамике трансмиссивных показателей встречаемости и обилия паразитов в хозяевах разных категорий, анализ связи с динамикой животных-хозяев, с локальными факторами среды и с глобальными климатическими изменениями;
— Изучение межгодовых изменений численности трематод на свободноживущих стадиях развития и оценка успешности трансмиссии в звене «первый-второй» промежуточный хозяин в условиях изменяющегося климата;

2. Фауна и систематика паразитических червей.
Несмотря на то, что паразитические черви пристально изучаются на протяжении 150 лет, их систематика до сих пор остается несовершенной, что отражается и на других отраслях паразитологии. Исследование экологии, жизненных циклов, эволюции и практического значения многих видов гельминтов серьезно тормозится из-за отсутствия современных определителей, сложность морфологической идентификации отдельных групп, таких как партениты трематод, мелких и невооруженных цестод, самок и личинок нематод. Значительный ряд таксонов нуждается в тщательной ревизии на разных уровнях.
Проводятся реконструкция филогении и уточнение систематики гельминтов, выявление видового разнообразия на ключевых территориях и уточнение современных ареалов паразитов. Описание новых видов и таксономическая ревизия, будут проведены работы по инвентаризации региональных фаун гельминтов.

3. Филогеография паразитических организмов и молекулярная эпидемиология паразитарных инвазий.
Изучается видовое и генетического разнообразие паразитов млекопитающих, в том числе имеющих ветеринарное и медицинское значение.
— Молекулярная эпидемиология природно-очаговых паразитозов — изучение генетической структуры популяций паразитов, анализ возможных причин возникновения эпидемически значимых геновариаций. Изучение распространения генотипов Echinococcus и других зооантропонозных паразитов в Евразии (методами исследования митохондриальной ДНК). Для многих видов гельминтов, общих для человека и животных, известна сложная структура видов, включающих в себя различные генотипы, приуроченные к определённым территориям, кругу промежуточных или окончательных хозяев, с важными отличительными особенностями в реализации жизненного цикла, экологии и патогенности.
— Изучаются фундаментальные вопросы биологии паразитов имеющих зооантропонозный потенциал (систематика, таксономия, фауна, филогеография). Последовательное исследование основных таксономических групп паразитических организмов: цестод семейств Taeniidae, Mesocestoididae, Dilepididae, Hymenolepididae. Паразитические членистоногие и их роль в передаче трансмиссивных инфекций домашних животных и человека.