В ходе выполнения проекта РНФ №25-24-00625 «Акариформные клещи как потенциальные промежуточные хозяева цестод - паразитов грызунов» впервые для цестоды Catenotaenia sp. n. (и представителей этого семейства) из степной пеструшки с помощью геномного ассемблера NOVOplasty был собран и аннотирован полный митохондриальный геном (13437 п.н.). Покрытие митогенома составило 1195х, что является отличным показателем надежность прочтения. Число генов и порядок их следования характерен для близкородственных циклофиллидных цестод: 2 гена рРНК, 22 гена тРНК и 12 генов, кодирующих белки. Сборка осуществлена на данных о полном геноме цестоды (285,5 Мб), расшифрованном на NGS-секвенаторе MGIseq 2000 (DNBseq-G400), позволяющим получать за один запуск большой объем высококачественных данных.
Потребность в получении митогенома связана с целью, на решение которой направлен проект - поиск метацестод в спонтанно зараженных промежуточных хозяевах при изучении жизненных циклов цестод. Основная проблема при изучении жизненных циклов цестод - низкая спонтанная зараженность природных популяций ПХ. Экстенсивность инвазии ПХ зачастую менее 1%. Соответственно, анализировать на зараженность методом световой микроскопии необходимо тысячи экземпляров промежуточных хозяев, что является весьма трудоемким и малопроизводительным процессом.
В исследовании приняли участие сотрудники из двух научных институтов: А. Кривопалов, А. Шиллинг (ИСиЭЖ СО РАН), Б. Ефейкин и Е.Симонов (ИПЭЭ РАН).
Работа выполнена при поддержке Российского научного фонда (проект №25-24-00625).