Институт систематики и экологии животных уделяет особое внимание подготовке молодых специалистов. В Институте действует аспирантура, в которой ежегодно обучаются около 20 аспирантов. ИСиЭЖ является одним из базовых институтов для кафедры общей биологии и экологии факультета естественных наук НГУ. В институте функционирует организованный совместно с ТГУ филиал кафедры Зоологии позвоночных и экологии. В Институте проходят обучение и дипломную практику студенты различных ВУЗов. На базе ИСиЭЖ и его научных стационаров сотрудники ежегодно проводят летние и производственные практики для более 100 студентов НГУ, ТГУ и других университетов региона.
На базе Института проходят городские научно-практические конференции школьников по зоологии. Сотрудники института ежегодно проводят более 20 экскурсий для студентов и школьников города для ознакомления с открытой экспозицией и фондовыми коллекциями зоологического музея. При участии Совета научной молодежи ежегодно для школьников проводятся лекции и ознакомительные экскурсии в лаборатории ИСиЭЖ.
При Институте действует Диссертационный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций по зоологии и энтомологии.
С целью подготовки зоологов высшей квалификации в системе непрерывного образовательного процесса (школа – ВУЗ – аспирантура) Институт сотрудничает с университетами г. Новосибирска и региона.
Новосибирский государственный университет
Кафедра общей биологии и экологии
Кафедра сравнительной психологии
Томский государственный университет
Кафедра зоологии позвоночных и экологии
Филиал кафедры на базе ИСиЭЖ
Кафедра защиты растений
Новосибирский государственный аграрный университет
Кафедра зоологии и методики обучения биологии
Горно-Алтайский государственный университет
Кафедра зоологии, экологии и генетики